Nhà Minh đã sa sút từ thời ông nội Sùng Trinh là Minh Thần Tông[4]. Từ thời Hy Tông, quyền hành trong triều đã lọt vào tay hoạn quan Ngụy Trung Hiền - đứng đầu Đông xưởng. Trung Hiền câu kết với nhũ mẫu của Hy Tông là Khách thị lũng đoạn triều chính.

Minh Tư Tông vừa lên ngôi, trong nội bộ thế lực Ngụy Trung Hiền có rạn nứt. Ngự sử Dương Duy Hoàn có thù với Thôi Trình Tú là người cầm đầu quân sĩ dưới quyền Trung Hiền, bèn tố cáo Trình Tú. Vua Sùng Trinh bèn cách chức Thôi Trình Tú đuổi về quê.

Tiếp sau đó có thư tố cáo 10 tội trạng của Ngụy Trung Hiền như dám sánh ngang với hoàng đế, mưu hại hoàng hậu và tự luyện quân trong cung… Sùng Trinh lập tức triệu Ngụy Trung Hiền vào cung. Trung Hiền sợ hãi sai bèn mang của quý biếu Từ Ứng Nguyên là người từng hầu hạ Sùng Trinh khi làm Tín vương.

Nhờ sự biện bạch của Ứng Nguyên, Sùng Trinh giảm tội cho Trung Hiền, hạ lệnh đi Phượng Dương trông coi mộ tổ vua nhà Minh. Trung Hiền lên đường mang theo các tùy tùng. Sùng Trinh sợ Trung Hiền mang theo nhiều người sẽ làm loạn, bèn sai Cẩm y vệ đuổi theo bắt lại. Trung Hiền đi đến Phụ Thành[5], được tin bị truy đuổi, biết không thoát nên thắt cổ tự vẫn.

Sau khi Ngụy Trung Hiền chết, Sùng Trinh sai người đến bắt Khách thị, bắt giết hết gia quyến họ Ngụy và họ Khách. Những người cùng cánh với Ngụy, Khách cũng bị xử tội như Ngụy Lương Phụ, Thôi Trình Tú, Lưu Chí Viễn, Ngụy Quảng Vi, Lý Thực, Cố Bình Nghiêm… Ngụy Trung Hiền đã chết vẫn bị mang phanh thây xé xác vào đầu năm 1628[6].

Đồng thời, Sùng Trinh còn hạ lệnh dỡ bỏ hết các từ đường do Ngụy Trung Hiền xây dựng ở các địa phương và khôi phục lại danh dự cho đảng Đông Lâm đối địch với họ Ngụy và bị hại trước đây. Việc thanh trừng nhanh chóng phe Ngụy, Khách của vua Sùng Trinh khiến nhiều người khâm phục[7].